Совет по научно-исследовательской работе (Совет НИР) ГАУН РБ «Башкирская энциклопедия» создан в целях развития энциклопедического дела в республике, повышения научного и профессионального уровня кадров-энциклопедистов и улучшения качества издаваемой энциклопедической и другой справочной литературы.
Целью Совета НИР является развитие научных исследований в области региональной энциклопедистики на основе изучения и анализа энциклопедического опыта, накопленного в издательстве, регионе и России, разработка основополагающих принципов и методологии создания региональных энциклопедий и справочников.
Основными задачами Совета НИР являются организация и координация научно-исследовательской деятельности в учреждении, формирование государственного задания и подготовка его к утверждению, утверждение тем, организация написания статей для публикации в журналах, входящих в перечень ВАК (по госзаданию), проведение конференций, семинаров и участие в них, рецензирование результатов деятельности и подготовка их к публикации; налаживание контактов и сотрудничество в области научных исследований с коллегами из других регионов РФ и стран СНГ, а также научно-исследовательскими учреждениями РБ.
Совет НИР возглавляет председатель в лице директора ГАУН РБ «Башкирская энциклопедия», секретарь Совета НИР ведет документацию по НИР.
В научно-исследовательской работе принимают участие штатные сотрудники, авторы, внештатные редакторы и научные консультанты, а также, лица, область научных интересов которых соприкасается с энциклопедистикой и книговедением.
Результаты исследований могут публиковаться в ежегодных выпусках сборника статей «Вопросы энциклопедистики», которые готовятся Советом НИР, а также в других научных изданиях.